Suddiviso in tre sale, espone nella prima, denominata "sala di Saludecio" importanti pale d'altare provenienti dalle numerose chiese del comune di Saludecio, recuperate e salvate prima della diaspora causata dalle confische napoleoniche. Tra queste si segnala per importanza la tela raffigurante la Processione del SS. Sacramento (1628), opera di Guido Cagnacci, il più importante interprete del Seicento riminese. Nel museo si conserva un'altra sua opera, L'Estasi di S. Sisto (1628).

Del primo Seicento riminese e marchigiano il museo conserva, inoltre, la Decollazione di San Giovanni Battista (1635) di Claudio Ridolfi, e le due tele I santi Giuseppe, Sebastiano e Rocco sotto a un coro di angeli (1610) e L’immacolata e Sant’Antonio Da Padova (1610) degli artisti ravennati (padre e figlio) Bernardino e Vitale Guerrini.
E' conservata una rara Madonna con bambino in cartapesta, del XVIII secolo.
Sono esposti i disegni di Giuseppe Achilli con il primitivo progetto della chiesa, poi modificato per volere del parroco don Antonio Fronzoni, desideroso di avere una chiesa più grande.
La seconda sala è interamente dedicata a Santo Amato Ronconi dove si possono trovare, oltre a una gran quantità di ex-voto risalenti a varie epoche, le casse che hanno contenuto in diversi momenti il corpo intatto del santo. Quella lignea, risalente al XIII secolo, mostra un interessante intaglio a pirografia (legno intagliato a fuoco) da leggersi con andamento bustrofedico, dove sono rappresentate le storie del Santo e i suoi miracoli.
In una teca sono esposte numerose opere che recano scritti o incisioni relativi al Santo Amato, nonché le Positio di Beatificazione e Santificazione.

La parte del vestibolo è invece dedicata a tutte le testimonianze storiche ritrovate sul territorio Saludecese nel periodo Romano e Medioevale, Di particolare rilievo sono il cippo dedicato al Dio Silvano, dio del bosco, del I secolo a.C, e l'iscrizione funeraria del Liberto Elio Elpideforo del III secolo a.C.

...Da visitare nel museo:

• Cripta: costruita con la chiesa per ovviare al problema del dislivello del terreno esterno l’architetto Giuseppe Achilli decise di realizzare questa struttura che doveva servire a reggere tutto il peso dell’abside superiore e per le sepolture. Oggi la cripta è parte integrante del museo di arte sacra custodisce diversi dipinti, paramenti sacri, uno splendido pannarone di Antionio Trentanove e un altare in marmo bianco finemente decorato.
• Sagrestia: prima parte del museo di arte sacra, con dipinti stendardi, mobili originali dell’epoca nonché una cassaforte a 4 quattro chiavi del 1753.
• Archivio parrocchiale: al primo piano della canonica si trova un ricchissimo archivio parrocchiale con documenti a partire dagli ultimi anni del 1500. Un vero e proprio tesoro di informazioni storiche.